En parallèle, le GIP Loire-Estuaire est mandaté en 2011 pour piloter une étude stratégique d’ensemble sur l’évolution de la Loire et sur les interventions envisageables, en s’appuyant sur les expériences passées et études déjà menées.
C’est en 2015 qu’un second contrat est signé, le contrat pour la Loire et ses annexes de Montsoreau à Nantes (2015-2020). Il prévoit les études de conception du programme de rééquilibrage du lit de la Loire mené par VNF. Plusieurs collectivités et associations mènent en parallèle des actions de restauration en faveur d’une vingtaine de bras et boires de la Loire entre Montsoreau et Nantes.