Plus récemment, au milieu du 19ème siècle, la Loire ne fait pas exception aux grands travaux qui touchent les grands estuaires français et européens. La priorité est donnée au développement industriel et au trafic portuaire : pour que Nantes devienne un port maritime et reste accessible à la grande navigation, d’importants travaux sont réalisés, dont, au premier chef, l’augmentation des profondeurs.
En amont de Nantes et en vue de relier son bassin à celui de la Seine, la Loire est rendue navigable de Nantes au Bec de Maine. D’abord expérimentale de la Maine à Chalonnes-sur-Loire, à partir de 1906, la mise en place de plus de 700 épis fut poursuivie jusqu’à Oudon en 1915 afin de raccorder le « nouveau » chenal, au bassin de marée. Par la suite, des adaptations locales ont lieu : choix d’un bras navigable, démantèlement d’anciens ouvrages (duits), arasement de seuils naturels.
Ces interventions se sont traduites par une simplification de la géométrie du fleuve : comblement et colmatage latéraux, approfondissement et régularisation de son chenal principal. Sur l’ensemble du territoire, le niveau des basses eaux (étiage et basse mer) s’est abaissé de façon spectaculaire, modifiant l’équilibre général entre l’influence fluviale à l’amont et marine à l’aval, au bénéfice de cette dernière.